Väestöliiton jäsenjärjestöt kokoontuvat kaksi kertaa vuodessa kokouksiin, joissa hyväksytään toimintasuunnitelma ja talousarvio sekä tilinpäätös. Näissä kokouksissa valitaan myös liiton luottamusjohto eli hallitus.

Toimitusjohtaja Helena Hiila työskentelee hallituksen alaisuudessa. Hänen apunaan toimii johtoryhmä. Toimitusjohtajan alaisuudessa ovat Väestöliiton eri yksiköt ja toiminnot: hallinto, perhepalvelut, seksuaaliterveysklinikka, Väestöntutkimuslaitos,kansainvälisen kehityksen yksikkö ja perinnöllisyysklinikka.
 

Perhetoiminnot ovat:

Parisuhdekeskus
Perheklinikka
Perheverkko
Kotipuu
Murkun kanssa

Seksuaaliterveysklinikalla toimivat

Nuorten seksuaaliterveyden osaamiskeskus OK
Miehen aika-toiminta
Seksuaali- ja ehkäisyneuvola