Väestöliiton jäsenjärjestöt kokoontuvat kaksi kertaa vuodessa kokouksiin, joissa hyväksytään toimintasuunnitelma ja talousarvio sekä tilinpäätös. Näissä kokouksissa valitaan myös liiton luottamusjohto eli hallitus.

Toimitusjohtaja Helena Hiila työskentelee hallituksen alaisuudessa. Hänen apunaan toimii johtoryhmä. Toimitusjohtajan alaisuudessa ovat Väestöliiton eri yksiköt ja toiminnot: hallinto, Väestöntukimuslaitos, Vanhemmuuskeskus, Parisuhdekeskus, Seksuaaliterveysklinikka, Monikulttuurinen osamiskeskus ja Kansainvälisen kehittämisen osaamiskeskus.