Väestöliiton jäsenjärjestöt kokoontuvat kaksi kertaa vuodessa kokouksiin, joissa hyväksytään toimintasuunnitelma ja talousarvio sekä tilinpäätös. Näissä kokouksissa valitaan myös liiton luottamusjohto eli hallitus.

Toimitusjohtaja Eija Koivuranta työskentelee hallituksen alaisuudessa. Hänen apunaan toimii johtoryhmä. Toimitusjohtajan alaisuudessa ovat Väestöliiton eri yksiköt ja toiminnot: talous- ja hallinto- sekä viestintäpalvelut, kansainvälinen kehitys, Väestöntukimuslaitos, Nuoten ja parien toiminnot sekä Perhetoiminnot.

Nuorten ka parien toiminnoissa toimivat seuraavat tiimit: Nuoret, Pojat ja nuoret miehet sekä Parisuhde. Perhetoiminnoissa puolestaan Vanhemmuus-, Monikulttuurisuus sekä Työ ja perhe tiimit.