Väestöliiton jäsenjärjestöt kokoontuvat kaksi kertaa vuodessa kokouksiin, joissa hyväksytään toimintasuunnitelma ja talousarvio sekä tilinpäätös. Näissä kokouksissa valitaan myös liiton luottamusjohto eli hallitus.

Toimitusjohtaja Eija Koivuranta työskentelee hallituksen alaisuudessa. Hänen apunaan toimii johtoryhmä. Toimitusjohtajan alaisuudessa ovat Väestöliiton eri yksiköt ja toiminnot: talous- ja hallinto- sekä viestintäpalvelut, kansainvälinen kehitys, Väestöntukimuslaitos, Nuoret, nuoret aikuiset ja parit sekä Perheet ja lapset -kokonaisuudet.

Nuoret, nuoret aikuiset ja parit kokonaisuudessa toimivat seuraavat tiimit: Nuorten seksuaaliterveys, Pojat ja nuoret miehet sekä Parisuhteen hyvinvointi. Perheet ja lapset kokonaisuudessa puolestaan Vanhemmuus-, Monikulttuurisuus ja kotoutuminen sekä Työn ja perheen yhteensovittamisen tiimit.