Väestöliiton jäsenjärjestöt kokoontuvat kaksi kertaa vuodessa kokouksiin, joissa hyväksytään toimintasuunnitelma ja talousarvio sekä tilinpäätös. Näissä kokouksissa valitaan myös liiton luottamusjohto eli hallitus.

Toimitusjohtaja Eija Koivuranta työskentelee hallituksen alaisuudessa. Hänen apunaan toimii johtoryhmä. Toimitusjohtajan alaisuudessa ovat Väestöliiton eri toiminnot: talous- ja hallinto- sekä viestintä, kansainvälinen kehitys, Väestöntutkimuslaitos, Nuoten ja parien toiminnot sekä Perhetoiminnot.

Nuorten ja parien toiminnoissa toimivat seuraavat tiimit: Nuoret, Pojat ja nuoret miehet sekä Parisuhde. Perhetoiminnoissa puolestaan Vanhemmuus-, Monikulttuurisuus- sekä Työ ja perhe tiimit.