Usein kaikkein haasteellisimpana pidetään parisuhdetta, jossa puolisoilla on eri uskonto. Uskonnolliset käsitykset perustuvat vakaumukseen, jonka mukaan oma uskonto on se absoluuttinen oikea, Jumalalta tullut, joten kompromissien tekeminen voi olla vaikeaa. (Viertola-Cavallari 2004)

Uskonto tai uskonnon puuttuminen vaikuttavat kokonaisvaltaisesti yksilön ja yhteiskunnan arvoihin ja sitä kautta tapakulttuuriin. Alueellinen tapakulttuuri vaikuttaa myös uskonnon tulkintaan. Muun muassa islaminuskoa tulkitaan hyvin eri tavoin maailmalla, samoin katolisuuden oppeja. Lähi-idässä ja monissa Afrikan maissa alueelliset tavat ovat nivoutuneet osaksi islamin tulkintaa, sen sijaan länsimaissa islamia harjoitetaan huomattavasti väljemmin tulkittuna.

Uskonto määrittelee laajoja kokonaisuuksia elämässä, esim. islaminuskossa ja katolilaisuudessa monet seksuaalisuuteen liittyvät asiat, kuten esiaviolliset suhteet, abortti tai homoseksuaalisuus on tabuja. Samoin uskonto vaikuttaa näkemyksiin miesten ja naisten välisestä kanssakäynnistä, lasten velvollisuuksista ja oikeuksista ja siihen miten lapset ylipäätään kasvatetaan. Näkemykset siitä mitkä ovat sallittuja ruoka-aineita tai miten tulisi pukeutua vaihtelevat suuresti uskonnosta toiseen. Kulttuuri rajat ylittävässä liitossa tämä saattaa johtaa arvoristiriitoihin. Kuitenkin uskontorajat rikkova liitto voi olla antoisa ja onnellinen, mikäli puolisot kunnioittavat toistensa vakaamusta ja antavat kompromisseille sijaa. Lapsille vanhempien hyvin onnistunut uskontorajat ylittävä liitto on rikkaus. (Viertola-Cavallari 2005)

Aina uskontorajat rikkovan avioliiton solmiminen ei ole edes mahdollista. Islam kieltää musliminaista, menemästä naimisiin muun kuin muslimimiehen kanssa. ”Musliminainen ei voi edes solmia avioliittoa miehen kanssa, joka ei ole islaminuskoinen. Avioliiton solmimiseen oikeuttavan esteettömyystodistuksen saamiseksi ei-islaminuskoiselta mieheltä vaaditaan notaarin vahvistaman paperi, jossa hän vakuuttaa kääntyvänsä islamin uskoon.” ( Viertola-Cavallari, 2005)

Islamin mukaan muslimimies voi ottaa kristityn tai juutalaisen vaimon (Koraani 5:5) , sillä edellytyksin, että lapset kasvatetaan muslimeiksi. Joidenkin maiden oma kansallinen lainsäätö, vaati kuitenkin että ei-muslimin morsiamen on käännyttävä islamiin ennen kuin avioliitto voidaan solmia. Sen sijaan ateistin ja muslimin välinen liitto on ehdottomasti kielletty. Ei ole harvinaista, että voidakseen solmia avioliiton, toinen puolisoista luopuu omasta uskonnostaan (tai uskonnottomuudestaan) ja kääntyy näennäisesti toisen puolison uskontoon. Tällainen ”olosuhteiden pakosta kääntyminen” ei luo hyvää pohjaa terveelle ja tasapainoiselle parisuhteelle, varsinkin jos toinen puolisoista on aidosti uskonnollinen ja odottaa samaa kääntyneeltä puolisolta. Kääntynyt puoliso voi aviosiippaansa miellyttääkseen yrittää toimia tämän toivomusten mukaan, jopa oman vakaumuksensa vastaisesti. Suhteesta tulee alisteinen ja avoimuus ja aito vuoropuhelu puuttuvat puolisoiden väliltä.

Erilaisten uskontojen yhdistäminen onnistuu parisuhteessa usein silloin, jos uskonnollisilla rituaaleilla ei ole kovin merkittävää roolia kummankaan puolison elämässä. Parisuhteelle voi löytää yhteisen hengellisen pohjan erilaisista kirkkokunnista huolimatta.