Väestöliiton jäsenjärjestöt kokoontuvat kaksi kertaa vuodessa kokouksiin, joissa hyväksytään toimintasuunnitelma ja talousarvio sekä tilinpäätös. Näissä kokouksissa valitaan myös liiton luottamusjohto eli hallitus.

Toimitusjohtaja Eija Koivuranta työskentelee hallituksen alaisuudessa. Hänen apunaan toimii johtoryhmä. Toimitusjohtajan alaisuudessa ovat Väestöliiton eri toiminnot: talous- ja hallinto- sekä viestintä, kansainvälinen kehitys, Väestöntutkimuslaitos,  sekä erilaiset hankkeet nuorten, vanhemmuuden ja parien tukemiseksi.